无路可逃的尤里退回了他在南极洲的基地。心灵控制器的力量比原先那条时间线的削弱很多，全世界都在追捕尤里。尤里集合了他所有的剩余部队，准备在南极基地决一死战。
伊娃中尉认为她背叛了自己的职责，于是递交了辞职申请。卡维尔将军平静地拒绝了。他说，她不是唯一被那个疯子扭曲精神的军官，劝说伊娃中尉继续她的工作。伊娃中尉对尤里最近的通信信号进行了三角计算，得出了尤里南极基地的位置。
同盟国被部署到苏联在火地岛的一个旧基地，随即用位于佛罗里达的超时空传送器将军队转移至南极洲。同盟国和尤里的部队在南极广阔的冰原上展开激烈战斗。尤里试图用基因突变器将盟军士兵变成狂兽人，但依然被盟军和苏联的联合科技打得大败。他的基地被摧毁，心灵控制器成了一堆废墟，大部分军队都被消灭，他自己也成了俘虏。
尤里被囚禁在了由爱因斯坦特别设计的心灵隔离房间里，从此他的心灵能力再也没有用了。但是又一次，改变的历史总有它的结果，卡维尔将军还活着，时间线开始改变自己······
杜根总统被伊娃中尉通知来开一个紧急会议。是卡维尔将军表示自己还活着。杜根总统又惊又喜。接着卡维尔将军讲述了一个包括时间旅行、基因和空间转移，以及和一个叫林凡的年轻人并肩作战的故事
罗曼诺夫依然被囚禁在伦敦塔，尤里被关押在一个秘密的地方。和平与民主至高无上。战争已经结束了······或者真的吗？
林凡：这样啊，那我们现在所在的地方在哪？
系统：请宿主自行探索
林凡：坑爹
林凡：给我介绍一下剧情？
系统：请宿主听好....
现实世界中，第二次世界大战结束之后，爱因斯坦研究出了时间机器。
之后，爱因斯坦打算试验一下这台机器。
他打算回到二战之前，在西特勒没有起来的时候，把他从历史上抹去。
爱因斯坦博士的起点是好的：他认为只要没有了西特勒，二战就不会发生，犹太人不会被屠杀，日本不会被投放原子弹，不会出现大规模的战争，也不会有几千万人死于战火。
但爱因斯坦错了，学过历史的小伙伴们都知道，什么叫做必然事件（先不说二战在现实中是不是必然事件，反正在红警世界里是必然的）
1946年，新墨西哥，特里尼蒂某处，爱因斯坦在一位助手的帮助下，穿越回了1924年，那时西特勒没有掌权，只是一种刚刚从监狱里出来的小混混。
随后历史性的一刻来到了。一个年轻的人步出了监狱的大门。爱因斯坦走向他，用德语问候了他。年轻的人回过头, 看着他答：“Ja? Was ist los? Ich habe keine Zeit um hier rund zu stehen.”（嗯？有什么事吗？我没空在这里闲呆着。）爱因斯坦回答：“Ja.... ich verstehe.”（是的······我知道/我明白）。然后他向西特勒伸出他的手邀请他握手，西特勒也伸出了手，而当他们的手接触时，时间悖论的理论成为现实。爱因斯坦被传回到1946年的新墨西哥，而阿道夫·西特勒从来没有存在过了。这是个永远地改变人类历史宿命的日子。
